W 1458 r. w parafii Winna występował Wojciech zwany Czaha. Od jego przydomku pierwotna nazwa miejscowości brzmiała: Czahy, a od 1505 roku, kiedy została nadana Jakubowi Karwatowi, była nazywana: Karwatowo. Później wrócono do starej nazwy. W 1508 roku posiadał ją dworzanin królewski i horodniczy miński Jacko Ratomski herbu Kościesza, później Jan (Iwaszko) Semenowicz Sapieha (zm. pomiędzy 13 a 21 maja 1517), marszałek hospodarski (1504-1517), aż do 1512 roku, kiedy to odstąpił on Czaje Leonardowi (Lenartowi) Kosińskiemu herbu Rawicz (zm. przed 1537) z Lisowa, dworzaninowi królowej Bony i podstarościemu brańskiemu (1520). Kolejnymi właścicielami wsi były rodziny: Sobolewskich (1642), Godlewskich (1676), Niemirów (1717), Ossolińskich (1733), Ciecierskich (od 1806) i hrabiów Załuskich (1848). W 1863 roku władze carskie skonfiskowały Czaje Henrykowi hr. Załuskiemu, synowi hr. Ludwika (1804-1856) za jego udział w Powstaniu Styczniowym.
Projekt budowy kaplicy dojazdowej w Czajach zrodził się w latach pięćdziesiątych XX w., ale władze komunistyczne nie pozwalały na budowę filialnej świątyni w parafii Pobikry. Po wielu próbach pierwsza Msza św. została odprawiona 20 października 1957 roku w prywatnym mieszkaniu Mariana Uszyńskiego (1912-2003), zaadaptowanym na tymczasową kaplicę. Jednak po trzech latach w 1960 roku władze powiatowe zabroniły odprawiania Mszy św. w dotychczasowym pomieszczeniu. Dopiero 30 grudnia 1978 r. Urząd Wojewódzki w Łomży pozwolił na budowę kaplicy w Czajach. Uroczystość wmurowania i poświęcenia kamienia węgielnego odbyła się 22 listopada 1981 roku pod przewodnictwem ks. bp. Władysława Jędruszuka (1918-1994), administratora apostolskiego diecezji pińskiej (1967-1991).
W czasie trwania budowy ks. Józef Gałda (1913-1987), proboszcz parafii pobikrowskiej (1977-1985), w dniu 8 listopada 1980 roku zawarł umowę ze Stanisławem Tryniszewskim (ur. 1938) ze wsi Czaje Dwór w sprawie udostępnienia jego prywatnego domu na cele kultowe do czasu zakończenia inwestycji.
Kaplica w Czajach pw. Najświętszej Maryi panny Matki Miłosierdzia została zaprojektowana przez architekta Zdzisława Bubińca z Białegostoku, a jej wnętrze przez artystę plastyka Grzegorza Łosia z Supraśla. Ze strony proboszcza parafii Pobikry pracami kierował ks. Jerzy Olszewski, ówczesny wikariusz (1980-1983). Kaplica w Czajach została poświęcona w dniu 19 sierpnia 1984 r. przez ks. bp. Władysława Jędruszuka (1918-1994), administratora apostolskiego diecezji pińskiej (1967-1991). Rok później 14 października 1985 roku administrator apostolski diecezji pińskiej erygował samodzielny rektorat w Czajach, wydzielony z parafii Pobikry. Pierwszym rektorem został mianowany ks. Mieczysław Baranowski (rekt. 1985-1987).
Plebania znajduje się w podpiwniczeniu kościoła w Czajach.
Oprac. ks. dr Zbigniew Rostkowski
