W XV wieku nazwa wsi Kłopoty Stanisławy brzmiała - Kłopotowo. Pierwsza znana wzmianka z 1458 roku (Księga Ziemska Drohicka 1456-1499 - Mińsk Fond. 1759. Op. 2. Sygn. 22) wspomina dwóch braci Mikołajów (Wythowienta), którzy sprzedali Kłopotowo Mikołajowi Bujno z Kłopotowa. Druga część nazwy Kłopoty Stanisławy pochodzi od jednego z dziedziców tej wsi - Stanisława, występującego w dokumentach w latach 1474-1477. W kolejnym stuleciu wieś była określana: Kłopoty Stanisławowięta lub Kłopoty Staszewięta. Od imienia jego brata Wawrzyńca - Waśka pochodzi nazwa wsi Kłopoty - Waśki (dziś połączona ze wsią Kłopoty Stanisławy). Obie wsie były gniazdem drobnoszlacheckiej rodziny Kłopotowskich herbu Ślepowron.
Pierwotnie wieś ta należała do parafii Drohiczyn. W 1675 roku Tomasz Skiwski (zm. ok. 1678), dziedzic Skiw i Narojek, ufundował w okolicach obecnego kościoła (w dobrach Moczydły) kaplicę dojazdową, staraniem ks. Floriana Sadowskiego, dziekana drohickiego i proboszcza ostrożańskiego (1653-1690). W kolejnym stuleciu szlachta wsi: Kłopoty Bujny, Kłopoty Michaliki, Kłopoty Patry, Kłopoty Stanisławy i Kłopoty Waśki, z powodu braku dostatecznej obsługi duszpasterskiej ze strony parafii drohiczyńskiej, wystąpiła do Konsystorza Janowskiego o przyłączenie tych wsi do parafii siemiatyckiej, zobowiązując się do płacenia dziesięciny na rzecz obu parafii. Dnia 19 lipca 1786 roku ks. Feliks Paweł Turski (1729-1800), biskup łucki i brzeski (1771-1790), podpisał w Janowie dekret o włączeniu powyższych wsi do parafii siemiatyckiej.
Parafia w Kłopotach Stanisławach została erygowana dekretem nr 5125 z dnia 16 grudnia 1922 roku przez ks. Jerzego Matulewicza (1871-1927), biskupa wileńskiego (1918-1925). W jej skład weszły wsie należące dotychczas do trzech parafii: Dziadkowice (Kłopoty - Bańki), Ostrożany (Krynki - Sobole, Moczydły - Stare, Zalesie, Lachowskie) i Siemiatycze (Kłopoty - Stanisławy, Kłopoty - Waśki, Kłopoty - Bujny, Kłopoty - Patry, Lachówka, Krasewicze - Czerepy, Kułygi, Wólka Biszewska i Hryćki). Beneficjum parafialne o powierzchni 22. mórg, składające się z łąk, pól i nieużytków, zwanych „Wylęzłe/Wylęzły”, zostało utworzone w dniu 22 lutego 1921 roku z darowizn gospodarzy wsi Kłopoty - Bujny i Kłopoty - Stanisławy. Pierwszym proboszczem kłopotowskim (do 1925) w dniu 16 grudnia 1922 roku został mianowany ks. Bolesław Leszczyński (1871-1951). Pod jego kierunkiem i staraniem miejscowej ludności, pomiędzy wsią Kłopoty Stanisławy a wsią Moczydły, została wzniesiona w latach 1921-1923 drewniana kaplica z desek, kryta gontem pw. Matki Bożej Różańcowej. W uroczystość odpustową 7 października 1923 roku poświęcił ją ks. Benon Konstanty Kay (1882-1936), proboszcz ostrożański (1919-1930). W tym samym roku 1 lipca 1923 roku ówczesny proboszcz (1922-1925) Bolesław Leszczyński (1871-1950) poświęcił cmentarz grzebalny ogrodzony tymczasowo żerdziami, leżący w pobliżu wsi Kłopoty Bańki.
Obecny murowany kościół pw. Matki Bożej Różańcowej został wzniesiony z ofiar parafian w latach 1935-1939, staraniem ks. Stanisława Siedlara (1895-1958), ówczesnego proboszcza kłopotowskiego (1927-1947). Kamień węgielny pod budowę poświęcił 6 października 1935 r. ks. bp Karol Niemira (1882-1965), sufragan diecezji pińskiej (1933-1946). Budowniczym nowego kościoła był murarz Karol Kamiński (1882-1946) z Siemiatycz Stacji. Jesienią 1939 roku, z obawy przed zajęciem nowo wybudowanej świątyni przez wojska sowieckie, wszystkie obrazy i paramenty liturgiczne przeniesiono z kaplicy i zaczęto odprawiać nabożeństwa. Poświęcenia nowej świątyni dokonał dnia 25 kwietnia 1941 roku ks. kan. Edward Juniewicz (1894-1989), proboszcz drohiczyński (1937-1946).
W okresie pobytu ks. Bogdana Mutianko (prob. 1981-1986) zostały wstawione witraże. W 1974 roku - staraniem ks. Krzysztofa Maksimiuka (prob. 1970-1978) - zostały zainstalowane organy, pochodzące z kościoła Podwyższenia Krzyża Świętego w Hajnówce. Dzięki staraniom ks. kan. mgr. Mieczysława Rzepniewskiego, proboszcza (1986-2005), w 1991 roku zbudowano boczny ołtarz ku czci św. Józefa, a także położono posadzkę marmurową (2000-2001). W uroczystość odpustową ku czci Matki Bożej Różańcowej, czyli 7 października 1998 roku odbyła się konsekracja kłopotowskiej świątyni, której dokonał ks. Antoni P. Dydycz, biskup drohiczyński. Wspomniany ordynariusz drohiczyński 20 marca 2003 roku ustanowił Nabożeństwo Czterdziestogodzinne, które będzie rozpoczynać się uroczystością św. Józefa, czyli 19 marca.
W bramie wejściowej na cmentarz przykościelny znajduje się dzwonnica wzniesiona przez ks. Kazimierza Koreckiego (1908-1990), który pracował w Kłopotach Stanisławach w latach 1954-1959.
Obok kościoła stoi nowa, murowana plebania zbudowana w latach 1988-1991, staraniem wspomnianego ks. Mieczysława Rzepniewskiego.
Oprac. ks. dr Zbigniew Rostkowski
